1.东北温带针阔混交林区生物多样性调查（2006FY210100），国家科技基础性工作专项，2006-2009
2.东北亚生态系统演化及生物多样性研究（2005CB724800），中俄资源环境领域重大问题合作研究，2005-2007
3.准噶尔盆地生物多样性保育与保护规划，中国科学院院士咨询项目，2006-2007
4.植物根两种养分捕获塑性重要性的研究，国家自然科学基金，2007-2010
5.典型流域防护林体系空间配置与结构优化设计决策支持系统研究（2006BAD03A0206），十一五科技支撑项目，2006-2010
6.区域农业生态环境评价与生态环境安全格局（2002CB111507），973课题主持人， 2002-2008
7.黄土高原典型区域农业生态环境评价（2004BA5D8B22）,国家科技攻关项目,主持人， 2004-2005
8.强烈人类活动区植被分布格局变化的驱动机制研究（30590383），自然科学基金重大项目的子课题，2006-2010
9.基础研究学科布局的国际比较研究（2004CCC00600），重大基础研究前期研究专项，主持人，2004—2005
10.国家野外实验台站数据标准化研究（2001DE20016-02-03），国家科技基础性研究专项，2001-2004
11.长江上游流域生物多样性与生态系统功能(G2000046802),973子专题负责人，2000—2005年；
12.国家自然科学基金:森林生态系统结构－功能空间耦合模型（30270254），主持人，2003-2006
13.高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(2000002716), 2000—2003年；
14.草地与农牧交错带生态系统重建机理及优化生态-生产范式   973专题主要参加者，2000—2005年；
15.森林生态系统结构和功能的研究(NO01016)，教育部科学技术研究重点项目，主持人，2002—2004年；
16.2003教育部跨世纪人才培养计划
17.教育部优秀骨干教师计划项目，2000—2002年；